总之， 现有的政府绩效管理与行政问责理论研究和改革实践上都还存在极大的不足， 最突出的问题就是没有以绩效预算为起点， 同政府管理流程再造、行政模式重构联系起来。
4.加强政府自身建设，没有紧扣对运行性行政职能的整体改造和系统优化。
运行性行政职能是一个庞大的权能体系，具体操作上则是众多的基本行政环节。它们没有一个不与政府自身建设的质量和水平直接相关，没有一个是可忽略不计、可弱化淡薄的。可是，我们在强调加强政府自身建设时， 只看到某些环节如行政决策、行政执行方面经常出问题、特别是违法违纪甚至腐败的问题， 于是就只注意抓对这些已出现问题进行治理的工作， 而很少能往前多看一尺一寸， 抓住相关的乃至所有的行政权能来进行整体的科学性和规范性建设。所以，这样进行下来的行政改革大多只能是不可避免地表面化了，解决不了实质性问题或者深层次问题———这是当前最突出、最普遍的问题。
总之， 在大力推进行政管理法制化的今天，行政程序法之所以会显得最难建设， 就是这一缘故。
可以说，行政管理要法制化，首先就要科学化，因为科学化是法制化的实质内涵，法制化是科学化的外在规范；没有科学化，就没有法制化。
二、政府结构层面的突出问题及相关分析。
政府结构就是行政系统的构成， 包括两大部分：基本结构和主体结构。其中基本结构包括：（1）行政区划。这是宏观纵横复合行政结构；（2）政府层级。这是宏观纵向行政结构。主体结构包括：（1）政府组成。这是独立的核心行政结构，反映的是行政领导构成；（2）行政机构构成。这是一级政府所属部门系列，是中观横向行政结构；（3）行政机构内部设置。这是一级政府所属部门内部的横向内设组织和纵向微观层级，是微观纵横复合行政结构。
政府及其职能部门是基本行政职能的载体和履行主体。其设立与调整均须依行政职能的划分、设定与配置而定。有什么样的行政职能划分、设定与配置，亦即有什么样的行政职能构成，就会有什么样的政府设置。行政职能之间的关系理顺与否、分定与配置的科学合理程度如何， 将直接决定政府设置是否合理得当、关系顺畅和科学有效。基本行政职能与运行性行政职能既分别、又交叉地影响着行政系统的构成。最佳的政府结构并不取决于政府机构的大小多少， 而取决于如何更科学合理地理解和把握行政职能的构成及其内在联系。
总而言之， 政府结构根本上就取决于行政职能的结构或构成，其问题亦主要源自于行政职能问题。
目前，我国政府结构层面的问题确实有不少，其中比较突出的主要有如下两方面：
（一）基本行政结构随着经济社会发展出现新问题。
在地方经济充分发展的地区， 主要是经济发达的东部地区和各地中心城市或重要城市， 出现了呼声日高的行政区划和政府层级应有突破性调整的问题。其中更突出的问题主要有：
1.突破“市管县”，实行“省管县”
县域经济发达的县和县级市大都想脱离当前的上级主管———地级市，而直接归属省里，导致新型政府层级模式， 个别的甚至还希望升级为地级单位，形成新的地级行政区。这种冲动在有的地方已经有了探索和实践， 但在大多数地方仍然还处在迫切期待的状态。这一问题是否可行、是否要行，尚无完整、科学的答案，但已引起全国上下的普遍注意、重视和关心。
2.放弃第五政府层级，转成县市直辖区镇域经济发达的特大镇、街道经济强大的特大街道，由于经济总量大、人口密度大、行政管辖区域大，特别是其经济总量、人口规模与内地部分县甚至地级市的规模相当， 所以纷纷开始提出向县市直辖区转变的强烈诉求。在一些地方如广东佛山就出现了特大镇、街道转为“县级政府的派出机构”、“具有部分县级经济管理权的行政区”、“再经调整和整合而设立的市辖区”等等趋势。这个问题虽然刚刚萌芽， 但却事关乡镇一级行政区划和政府层级的改革，是一个非常重大的现实问题。
这里引申出整个乡镇一级的机构改革大事。
据调查，农业税取消后的乡镇职能已急剧萎缩，除计划生育工作外似乎没有更多的实质性行政事务。这在改革上就引生出两个大问题：
（1）乡镇是否还要通过大幅度区划合并来减少数量？ 乡镇是否要四套班子齐备？ 乡镇是否可以全部改成县在农村、综合协调所办站等县局下派机构、类似行政服务中心的当地最高派出机构和农村政务信息中心？
（2）在新农村建设方针、农村社区自治与基层政权建设方面， 特别是现在网络媒体急速扩展到农村， 而农民素质和公共参与热情日益提高的情况下， 村级公共管理与自然村公共管理还存在很不成熟、很不紧凑、又不断发展变化的不稳定状态，容易出现大面积失控和危机隐患，而这在特定情况下又很容易转化为重大现实危机。因此，如何加强农村公共管理的结构改造、无缝隙设计与运作，亦即政府层级如何延伸“行政神经”到基层末梢，就成为目前最突出的重大问题之一。
3.突破地级定位，城市寻求升向副省级经济实力强大的地级市和若干地级省会城市存在希望成为国务院计划单列市或者副省级城市的要求和冲动。这虽然不如“强县要脱市”那么强烈，但也成为一股强大的暗流。
上述问题是在我国城市化加速的情况下出现的新情况、新问题，不仅触及到行政区划、政府层级本身的调整变化，而且还触及到宪法、地方组织法等方面的重大调整，更涉及到全国城市化、现代化整体战略和未来走向的确定与调整。但是，目前从理论到实践都还远未深入到这些重要层面进行深入的探讨和研究， 显然是科学答案跟不上实践所提问题的需要。
（二）主体结构有老问题，更有新问题。
1.不少地方的政府组成人员和行政机构领导职数设置过多，主要是副职设置过多。
政府组成人员设置过多，主要是诸如副省长、副专员、副市长、副县长、副乡镇长的实际人数太多；其另外一个突出问题是，这些多出的副职又与当地党委主管某一领域的副书记、常委相重合，在实际领导过程中出现多中心、分散、协调难度大、甚至内耗等等问题。
行政机构领导职数设置过多， 主要是诸如副厅长、副主任、副局长等等的实际人数过多。在原本就事务明显单一、职能逐渐弱化的情况下和空间内进行迫不得已的过细分工， 导致每人常常只分管一两个内设机构， 彼此常常受限于组织程序而无法协调、效率低下、内耗增大。
